דו"ח מבקר המדינה מקדיש כמדי שנה פרק נרחב להתנהלות הבלתי תקינה של רשות השידור, ולדפוסי העבודה הקלוקלים שהשתרשו בה. הדו"ח מציין כי לרשות אין שעוני נוכחות או אמצעי בקרה אחרים על נוכחות עובדיה, בניגוד לתקשי"ר ולכללי המינהל התקין. "בהיעדר בקרה השתרשו נורמות של דיווח למראית עין על שעות שבהן לא עבדו העובדים כלל או שלא נכחו בעבודה, וההנהלה שילמה עבור מאות שעות בממוצע לעובד בשנה מתוך ידיעה שהעובדים לא עבדו בהן ותוך העלמת עין", נאמר בדו"ח.
בדו"ח מצוין כי הנהלים הפסולים השתרשו בשל עוצמתם של תשעת ועדי העובדים הפועלים ברשות, ואוזלת ידה של ההנהלה שלא מצליחה לעמוד בלחציהם. כתוצאה מכך, משלמת הרשות לאורך שנים על שעות עבודה ושעות נוספות שאיש לא עבד בהן, על ימי כוננות שבהם העובדים כלל לא היו זמינים לקריאה ועל ימי חופשה שלא נצברו בפועל - הכל תוך ידיעה של ההנהלה ולעתים תוך ניצול הפרצות על ידי המנהלים עצמם.
בזבוז אדיר ברשות
בנוסף, סובלת הרשות מאי התאמה כרונית בין צורכי העבודה בפועל לבין מערך כוח האדם, דבר היוצר בזבוז אדיר בציוד ובמשאבים. כך למשל מובאת בדו"ח דוגמה לשידור הגרלת הלוטו, תשדיר בן 5 דקות המועבר פעמיים בשבוע בשעות הלילה המאוחרות בימי שלישי ומוצאי שבת. מדו"ח המבקר עולה כי בהפקת התשדיר משתתפים באופן ישיר 20 עובדים של הרשות: עשרה עובדים של חטיבת שירותי הנדסה, שלושה צלמי וידאו, מפיקה, מנהל במה, 2 נהגים, מאפר, גרפיקאי ואיש אביזרים.
חלק מאנשי הצוות מובאים במיוחד בניידות שידור מירושלים לתל אביב, על אף שבית מפעל הפיס ממנו מתקיים השידור, נמצא במרחק מאות מטרים מקריית רשות השידור בתל אביב. "כבר באוקטובר 2001, בדוח של רואה חשבון חיצוני, הומלץ להעביר סיב אופטי מבניין מפעל הפיס לאולפני הרשות בתל אביב ולהתקין מצלמות קבועות, כדי שניתן יהיה לצמצם את מספר העובדים הטכניים המשתתפים בשידור. אולם עד היום לא נעשו פעולות לקידום הנושא". נכתב בדו"ח.
בנוסף, בהתאם לדפוסי הדיווח הקלוקלים על שעות עבודה, נמצא שכל אנשי הצוות עובדים בפועל כ-6.5 שעות בממוצע, אך מדווחים על יום עבודה של 17-13 שעות.
להלן תגובת רשות השידור: "הדו"ח מתייחס לתקופה שלפני כהונתם של הוועד המנהל וההנהלה הנוכחיים. הגופים המוסמכים ברשות השידור לומדים את מסקנות הדו"ח וההמלצות שבו, ויפעלו ליישומם".