מנכ"ל הטלוויזיה החינוכית יפה ויגודסקי מתנגדת נחרצות להצעת המחליטים של משרד האוצר למיזוג הטלוויזיה החינוכית לתוך רשות השידור. לדבריה, "פקידי האוצר לא הצליחו בחוק ההסדרים הקודם לבצע חיסול ממוקד לחינוכית, ואף טרפדו את הדיונים בהשלמת רפורמה מקיפה וכואבת בטלוויזיה החינוכית, שהיתה מוסכמת על-ידי ההסתדרות ושרת החינוך והנהלת התחנה. עכשיו מנסים פקידי האוצר להוציא להורג את התחנה בדרכים עוקפות, באמצעות מיזוגה, לכאורה, ברשות השידור, שעדיין מתקשה להשלים את הרפורמה שלה עצמה. חשוב להדגיש: למיזוג הזה אין כל היגיון כלכלי, ארגוני, תוכני ומקצועי".
על פי הצעת המחליטים שתעבור בשבועות הקרובים הליכי חקיקה במסגרת חוק ההסדרים, הטלוויזיה החינוכית תהפוך ליחידה בתוך רשות השידור ותהיה כפופה למנכ"ל הרשות. לפי הצעה זו, החינוכית תפסיק את שידוריה בערוצים 2 ו-23 החל מה-1 באוגוסט השנה וזכייניות ערוץ 2 תקבלנה את זמן השידור שלה בערוץ. לפי ההצעה, החינוכית תהיה אחראית על הקשר בין רשות השידור ומערכת החינוך ולא ישודרו במסגרתה שידורי חדשות.
ויגודסקי אומרת, כי "ההצעה ההזויה הזאת היא לא יותר מעז נוספת בחוק התקציב, והיא תיפול לא רק משום שיו"ר ההסתדרות, שר החינוך, ואפילו רשות השידור מתנגדת לה.ההצעה הזאת תיפול משום, שהיא תוביל לפגיעה נוספת במערכת החינוך ובחברה הישראלית, בכך שתוריד לטמיון את כל הפרויקטים החינוכיים שמבצעת התחנה, ואשר מתקיימים רק בזכות הקשר הבלתי אמצעי שקיים בין התחנה לבין מערכת החינוך".
באוגוסט 2008 הוחלט במשרד האוצר על סגירת הטלוויזיה החינוכית. החלטה זו בוטלה בועדת השרים לענייני חקיקה ולאחר ישיבה של הועדה בספטמבר 2008 הוחלט כי יתקיים משא ומתן לקראת ביצוע רפורמה בטלוויזיה החינוכית. במהלך המשא ומתן עם ההסתדרות ומשרד האוצר סוכם על קיצוץ של כ-50% מעובדי החינוכית, העברת הפקות רבות למיקור חוץ, שינוי הסטטוס המשפטי ועוד. הסכם זה לא יצא לפועל מאחר שהאוצר הפסיק את המשא ומתן לפני יישום הרפורמה. ב-13 בינואר השנה שלח יושב ראש ההסתדרות עפר עיני לשר האוצר דאז רני בר און מכתב חריף בנושא ובו כתב כי הפסקת המשא ומתן עומדת בניגוד להתחייבויותיו ובניגוד להחלטת ועדת השרים לענייני חקיקה. החלטה זו כלל אינה מופיעה בהצעת המחליטים הנוכחית.
שר החינוך מתנגד לסגירה
ממשרד החינוך נמסר: ""שר החינוך גדעון סער מתנגד להצעת האוצר לסגירת הטלוויזיה החינוכית. השר מגבש תכנית שתהפוך את היעוד החינוכי-לימודי לליבת הפעילות של הטלוויזיה החינוכית, שיהיה לה קשר ישיר גם לתכניות ולתכני הלימודים הבית-ספריים".
גם משה גביש, יושב ראש רשות השידור מתנגד להצעה לפיה ימוזגו החינוכית ורשות השידור. במכתב ששלח אתמול לסגן הממונה על התקציבים באוצר חיים פרננדס, כתב גביש כי הרשות במצבה הנוכחי לא יכולה לקלוט את הטלוויזיה החינוכית, אלא רק לאחר סיום תהליך הרפורמה.