עוזרו של הרמטכ"ל לשעבר, אלוף משנה ארז וינר דמות מפתח בפרשת "מסמך הרפז" ומי שהעביר את המסמך לרמטכ"ל גבי אשכנזי, הגיש תלונה למועצת העיתונות נגד עיתון "ישראל היום" ונגד פרשן העיתון דן מרגלית. לוואלה! ברנז'ה נודע כי וינר, שאמור להעביר בימים אלה למבקר המדינה את התייחסותו לפרשה וכלפיו נטען כי הוא מנסה לעכב את פרסום הדו"ח, מתכוון לצד התלונה למועצת העיתונות גם להגיש תביעת דיבה אזרחית נגד מרגלית והעיתון.
וינר טוען לשמונה פרסומים של מרגלית שהיוו עבירה על תקנון האתיקה ובראשם פרסום מתחילת החודש ובו ייחס מרגלית למבקר המדינה לינדנשטראוס אמירות נגדו, בעוד המבקר עצמו ייחס את האמירות להרפז. בכך, לטענת וינר, הוציא מרגלית את הדברים מהקשרם על מנת להשחיר את פניו. עוד טוען וינר כי מרגלית לא ביקש מעולם את תגובתו לדברים בוטים שפרסם נגדו או את תגובת דובר צה"ל לדברים שפרסם בעיתון כעובדות. כך למשל פרסם מרגלית כי וינר אמר מפורשות להרפז שהרמטכ"ל רוצה לסכל את מינויו של גלנט אולם לא ביקש את תגובתו של וינר לדברים שאותם פרסם שאמר, לכאורה.
"קוראי 'ישראל היום' שחשבו שמדובר בסיקור אובייקטיבי"
לטענת וינר, לדן מרגלית קשרים אישיים חבריים עם שר הבטחון ברק ועל כן בשורת הפרסומים והכתבות שפורסמו ב"ישראל היום" הוא הביע בו תמיכה, והתקיף את וינר ואשכנזי מבלי ליידע את קוראיו על יחסיו הקרובים עם ברק. בכך הפר מרגלית, לטענת וינר, את חובת הגילוי הנאות והונה את קוראי "ישראל היום" שחשבו שמדובר בסיקור אובייקטיבי.
במועצת העיתונות אישרו כי התקבלה תלונתו של וינר, אולם סרבו לפרט מעבר לכך. יש לציין כי זו לא התלונה היחידה נגד "ישראל היום" בנושא מסמך הרפז אליה נדרשת ועדת האתיקה של מועצת העיתונות, וכי בימים אלה נבדקת גם תלונתו של דובר צה"ל לשעבר אבי בניהו ששימש כדוברו של אשכנזי. בניהו הלין בפני המועצה כי דבריו של מרגלית מעל דפי העיתון, "ההתנהלות וההתבטאות של תת-אלוף אבי בניהו כלפי ברק ועוזריו - הם חתירה של גורם צבאי-ביטחוני תחת הממשלה האזרחית החוקית, יעילה או כושלת"., מהווים הוצאת דיבה. הערכה בעניין זה צריכה להתקבל בשבועות הקרובים.
גורם המעורב בפרטים סיפר לוואלה! ברנז'ה כי וינר פנה אל "ישראל היום" בדרישה לפרסם התנצלות והתריע בפניהם כי בכוונתו לתבוע את העיתון אולם הוא לא זכה למענה מצדם. לתלונתו של בניהו צורפה התכתבות בין נציגיו לבין העיתון, שם הודיעו בבירור ב"ישראל היום" כי אין בכוונתם להתנצל על אופן סיקורו של דן מרגלית את הפרשה.
דן מרגלית מסר בתגובה: "אנחנו נגיב לטענותיו של וינר במועצת בעיתונות". בישראל היום סרבו להגיב לדברים. אל"מ ארז ויינר סרב להתייחס והפנה לקבלת תגובת דובר-צה"ל, משם טרם נתקבלה תגובה.