כאשר הוא נשאל האם הוא מצנזר את עצמו ב"ישראל היום", הוא משיב כי "אפשר להגיד את אותו הדבר על השנים הארוכות שכתבתי ב'הארץ'. כשאני כותב, אני כותב בנימה מסוימת של ריסון, אני לא כותב כמו שאני מדבר". זו תשובתו גם להבדל המהותי הקיים בין האופן שבו הוא מתבטא ברשת החברתית טוויטר לעומת מילותיו המתפרסמות בעיתון. "תמיד אפשר למצוא פעם בין האופן שבו אני כותב בעיתון לפי איך שאני מדבר במסדרון", הוא עונה.
כשברזומה שלו 53 שנות קריירה, אין ספור סיפורים ומעמד מקצועי שכמעט ואינו ניתן לערעור, ואחרי שנים לא מעטות בהן נמנע מלעשות כן, מתיישב דן מרגלית על כיסא המרואיין באולפן וואלה!, מול העורך-האורח של וואלה! ברנז'ה רביב דרוקר.
"בהארץ פסלו לי 22 מאמרים ובישראל היום לא פסלו לי מאמר אחד"
על המקרה בו כתב מאמר ביקורתי נגד נתניהו ועורך העיתון עמוס רגב דחק אותו לעמודים האחרונים, אמר: "אני חושב שהשתמשתי דווקא במילים יותר מדי חריפות נגד שרה וביבי וזה דווקא בצורה לא אופיינית לי". הוא מספר כי שוחח עם רגב על המקרה. "אוקיי, שמו אותו בעמוד 37 והופתעתי - אבל הוא (עמוס רגב, ד.א.) לא נגע בטקסט. אי אפשר לבוא אלי בכל הטענות. זה פורסם כטקסט חריף ביותר ולא אופייני לצורת הכתיבה שלי".
"אני מרגיש שאני שומר על העצמאות התקשורתית שלי. נניח שלא נוח לי פה ושם מה שכתוב ב'ישראל היום'. אתה חושב שכל מה שקראתי ב'הארץ' אהבתי? אתה חושב שישבתי בישיבות הנהלת הארץ ותמיד כתבתי את המאמר הראשי? לא, ולא כי לא חשבו שאני יכול לכתוב אותו אלא כי דעתי הייתה אחרת. 'הארץ' לא פגע בחופש הביטוי שלי, למרות שגרשום שוקן פסל לי 22 מאמרים ובישראל היום לא פסלו לי מאמר אחד".
"הקשר ביני לבין אשכנזי עולה פי עשרה מהקשר עם ברק"
על הביקורת שהופנתה כלפיו בפרשת מסמך הרפז ועל הקרבה לשר הבטחון לשעבר אהוד ברק אמר מרגלית: "אל תאמין לשטויות האלה. הקרבה שלי לאהוד ברק לא חורגת מיחסי עיתונאי מקור. אם אתה מדבר על קשר חברתי - בעשור האחרון הקשר ביני לבין אשכנזי עולה פי עשרה מהקשר עם ברק".
דברים דומים אומר מרגלית על יחסיו לשעבר עם אהוד אולמרט, שהיה חברו הקרוב עד שהיחסים נותקו. "אני מכיר את כל מה שאומרים נגדי בנושא אהוד אולמרט - אבל בסוף הוכחתי שמערכת היחסים האישיים מעולם לא השפיעה. אהוד אולמרט רתח עלי שכתבתי כשהוא לא מושחת, לפני הבחירות, ושצריך למנות לו כלב שמירה. אני בכל ליבי האמנתי שהוא לא מושחת אלא רק נהנתן, תמיד אמרתי שמי שיהיה - מושחת אני לא אהיה חבר שלו".