בהמשך למכתב ההתראה ששלחה החברה לכלכליסט לפני שלושה שבועות, הגישה הבוקר (ראשון) NSO תביעת לשון הרע נגד העיתון, בעקבות פרסום התחקיר אודות הריגול המשטרתי באמצעות תוכנות החברה שפרסם העיתונאי תומר גנון.
נזכיר, בשער המטלטל לפני פחות מחודש פרסם כלכליסט כתבה שלישית מתוך סדרה, בה חשף כי עשרות עובדי ציבור ובכירים נחשפו לריגול בתוכנת NSO. "אצל מי לא הותקן פגסוס? פוליטיקאים, אנשי עסקים בכירים, מנכלי משרדים ממשלתיים ראשי ערים, מנהלי חברות ענק, עיתונאים, מארגני מחאות, מכל סוג ומין כמעט, יועצי ראש הממשלה ובני משפחתו, מכל הבא ליד, בלי חשבון בלי, הגבלה ,בלי מעצורים... אנשי צוות המ"מ (מבצעים מיוחדים) בחטיבת הסייבר-סיגינט המשטרתית חודרים במשך שנים באופן סמוי וללא צווים מבתי המשפט באמצעות פגסוס... לטלפונים של אזרחים ומשתלטים עליהם בלא היתר בחוק לעשות זאת ובלי צו מבית המשפט מתוך הבנה ששופטים לא יאשרו התנהלות כזאת... האנליסטים ישבו וחיטטו בהתכתבויות, באפליקציות, במיילים, ביומנים", נכתב בתחקיר.
לטענת NSO, "דומה שלא מדובר בתחקיר עיתונאי אלא בפרסום חד צדדי, מוטה וכוזב, אשר קיבל פומבי בנסיבות המעלות חשש ממשי שמטרתו לשרת מטרות זרות לחלוטין למהותה של עיתונאות מקצועית, אחראית וחסרת פניות. הפרשה שזכתה לכינוי 'פרשת NSO' או 'תחקיר NSO והמשטרה' מעלה תמיהה בנוגע לאופן ביצוע ומהות סדרת התחקירים של 'כלכליסט', בראש ובראשונה, בשל העובדה שלא הוצגה שום ראיה שביכולתה לבסס את הטענות החמורות; חברת NSO אינה מפעילה את המערכות שבידי לקוחותיה ואינה חשופה למידע, מערכות הלקוח נמצאות אך ורק באתר הלקוח ומעולם לא הופעלו ב"ארכיטקטורת ענן" בשליטת NSO; בניגוד לדברי הכזב שבחר העיתון לפרסם, המערכות שומרות ב"לוגים" תיעוד מלא של כל הפעולות שבוצעו על ידי הלקוח ואין ללקוח אפשרות לשנות או למחוק את התיעוד".
כתב התביעה מתבסס על המלצות הביניים של הוועדה לבדיקת ממצאי התחקיר שהוקמה על ידי המשנה ליועמ"ש עמית מררי, ואשר מצאו כי לא לא נמצאו האזנות ופריצות ללא צו שופט, אך ייתכן שהמשטרה חרגה מהצו. "ממצאי צוות הבדיקה סותרים באופן מוחלט את הטענות שתוארו בכתבה מיום 10.2.2022: צוות הבדיקה אישר שבסיס הנתונים הפנימי של המערכת שנמכרה למשטרה נמצא בשרתים המותקנים במשטרה; וכי אמנם המשתמש יכול למחוק רשומות בממשק המשתמש של המערכת במסגרת פעולות תחזוקה, אך לחברה קיימת היכולת לשלוף גם נתונים שנמחקו (בממשק המשתמש) משכבה של המערכת שנגישה לחברה ולה בלבד" ובה נמצאים הלוגים עצמם אשר מתעדים כל פעולה שבוצעה על ידי הלקוח. הבדיקה היסודית שנעשתה שומטת את הקרקע מתחת לניסיון הנוסף להטיל דופי בחברה ובעובדיה ומהווה הוכחה נוספת כי לא כל תחקיר עיתונאי בעל כותרות סנסציוניות אודות NSO, אכן מבוסס על ראיות", כותבים בחברה.
בחברה אומרים עוד כי "התביעה הוגשה אך ורק למטרת חקר האמת והצגתו הפומבית, ועל כן הודיעה כי כל פיצוי אשר יפסק יועברולטובת עמותות לרווחת ניצולי שואה ונפגעי ונפגעות תקיפה מינית".