בעקבות החלטתו של שר הביטחון ישראל כ"ץ לסגור את גלי צה"ל, הודיע ארגון עובדי צה"ל בהסתדרות על סכסוך עבודה. הסכסוך יחול על כמאה אזרחים עובדי צה"ל המועסקים בתחנה.
בהסתדרות מנמקים את העילות לסכסוך, "בהחלטה חד-צדדית של השר, זאת מבלי שנוהל מו"מ בנוגע להשלכות סגירת התחנה, ולמרות שלהחלטה השלכות משמעותיות על זכויות ותנאי העבודה של העובדים, לרבות ביטחונם התעסוקתי עקב סיומי העסקה צפויים".
עוד אומרים כי העובדים לא ייוצגו בוועדה לבחינת פעילות גלי צה"ל שהגישה מסקנותיה, זאת לאור הוראת היועצת המשפטית לממשלה, שלפיה הוועדה שהוקמה לא תגיש את המלצותיה עד להשלמת בחינה משפטית בשל טענות לפגמים שנפלו בהליכי המינוי של הועדה וחבריה.
בהסתדרות מגדירים את המהלך כ"התנהלות חסרת תום לב ודורסנית, בפרט בהתחשב בעובדה שכבר הושגו הסכמות בין ארגון עובדי צה"ל לבין משרד הבטחון בנוגע לשינוי מבני בתחנה, לאחר ועדת זמיר שכבר בדקה את פעילות התחנה והחלה ליישם את מסקנותיה".
יו"ר ארגון עובדי צה"ל, מאיר בן הרוש: "יצאתי מהפגישה עם שר הביטחון שלצערי נשאר איתן בדעתו לסגור את התחנה. השר התחייב לשמור על עובדי התחנה. יתנהל מו"מ על עתיד העובדים, ולצד זאת הוא המליץ להמשיך את פעילותה של גלגל"צ. מדובר בהחלטה מוטעית, יחד נפעל עם ההסתדרות ואני אעשה הכול על מנת לשמור על ביטחונם ועתידם התעסוקתי של העובדים".