רק לשניים מחברי הוועדה לסגירת גלי צה"ל הוסדר הסכם ניגוד עניינים, כך התברר מתוך עתירה שהוגשה לבית המשפט המחוזי על ידי תנועת הצלחה.
העתירה הוגשה לקראת הדיון בבג"צ שיתקיים ב-26 למאי בעניין החלטת שר הביטחון ישראל כ"ץ לסגור את תחנת גלי צה"ל שהובאה להחלטת הממשלה ולאחר שכבר ניתן צו ביניים וההחלטה לסגירת גל"צ הוקפאה למעשה על ידי בית המשפט.
יו"ר הוועדה, ד"ר דליה זליקוביץ' ומזכיר הוועדה, אלעד מלכא - פעיל ליכוד פוליטי, פעלו ללא הסדרי ניגוד עניינים כך על פי תשובת משרד הביטחון שניתנה במסגרת העתירה.
עוד עולה מהתשובה של משרד הביטחון, כי ניגוד העניינים של יפתח רון טל, יו"ר הוועדה הקודם, היה ידוע כבר בתחילת עבודת הוועדה ולמרות זאת מינו אותו כיו"ר הוועדה. ובמקביל, התברר ששניים מחברי הוועדה עברו ברגל גסה על הסדר ניגוד העניינים שלהם.
התנהלות זו מעוררת שאלות קשות באשר לתקינות עבודת הועדה, תהליכי העבודה בה והליך קבלת ההחלטות שהתקיים במסגרתה.
עוד יצוין כי שני חברי הוועדה שהסדר ניגוד העניינים שלהם נמסר (יפתח רון טל ושרה העצני כהן) התחייבו לא להתראיין בנושא שעליו דנה הוועדה עד תום חצי שנה מעבודת הוועדה אך בפועל הם הפרו ברגל גסה את הוראת סעיף זה ולמעשה בכך הפרו את הסדר ניגוד העניינים שלהם שכן אלה התראיינו בבמות שונות והביעו את עמדתם ודעתם בקשר להחלטה ולהמלצה להביא לסגירת התחנה.